Маргаритка многолетняя — многолетнее травянистое растение, культивируется как двухлетнее, достигает в высоту 10—30 см.
Корневище короткое.
Листья — продолговато-яйцевидные или яйцевидно-лопатчатые, по краям зубчатые, волосисто- или железисто-опушённые; образуют прикорневую розетку. Стебельбезлистный.
Соцветия — одиночные корзинки с крупными ложноязычковыми или трубчатыми цветками по краям соцветия и мелкими обоеполыми трубчатыми жёлтого цвета в центре. Краевые цветки женские, бывают белого, розового или красного цвета. Соцветия расположены на многочисленных цветоносах и достигают 3—8 см в диаметре. Цветёт весной, в начале лета и иногда на протяжении всего лета и осени.

Плод — семянка до 0,5 мм длиной, жёлтого цвета. Семена созревают в июне.